La família Prado i The Skinner ocupen el protagonisme de la temporada 3. Dexter a més, Dexter es converteix en un home de família.

Vida personal de Dexter

Rita descobreix que està embarassada i decideixen casar-se. A mesura que Rita avança amb els plans del casament, Dexter se’n va molt amb el seu nou amic, Manuel Prado. Manuel veu a Dexter qui és realment i no es repeleix. Dexter comença a deixar la guàrdia amb Manuel i es converteixen en autèntics amics.

En el moment en què gairebé mor de les mans de George King, Dexter s’adona que realment vol veure que el seu fill vingui al món i que el vol veure créixer.

Dexter demana a Debra que sigui el seu millor home i ell i Rita es casen.

El codi de Harry

Dexter descobreix que un depredador sexual està mirant Astor. Segons el codi de Harry, Dexter no pot matar el depredador perquè no és un assassí. Dexter conclou que el codi necessita evolucionar i convertir-se en propi. Mata el depredador.

La família Prado

Dexter troba la seva propera matança, un traficant de drogues assassina que porta el nom de Freebo. Dexter topa accidentalment en una baralla entre Freebo i un home que després aprèn és Oscar Prado. Freebo se’n va i Dexter mata l’ Oscarscar en autodefensa. El germà d’ Oscarscar, fiscal adjunt del districte, Miguel Prado, treballa en el cas. Miguel té història de LaGuerta i encara són a prop.

Dexter troba a Freebo i el mata, però Miguel gairebé l’agafa. A l'exterior, Dexter li diu a Miguel que havia de matar a Freebo en autodefensa. Miguel l'ajuda a encobrir el crim i els dos comencen a passar l'estona. Rita gaudeix de passar una estona amb la dona de Syl, Syl.

Miguel uneix dos i dos junts quan un criminal del qual es queixava es trobava mort. Vol treballar amb Dexter per fer de la ciutat un lloc més segur. Dexter vol desanimar-lo i així planteja un pla per fer que Miguel deixi anar un criminal perquè Dexter el pugui matar. Es mostra sorprès quan Miguel passa amb el pla.

Miguel vol que matin a un dur defensor de la defensa, Ellen Wolf, que es troba en el camí de Miguel professional. Dexter diu que no s’ajusta al codi i, quan apareix desaparegut, Dexter sospita de Miguel i confirma les seves sospites seguint les pistes que va deixar Miguel.

Dexter intenta obtenir un avantatge sobre Miguel, però finalment arriba a la conclusió que haurà de matar-lo. Miguel contracta al seu germà enfadat, Ramon, com a guarda del cos. El pla de Dexter és fer-ho la nit de les noces perquè suposadament Miguel era el seu millor home. Dexter s’adona que LaGuerta està a Miguel i que corre perill, així que Dexter el mata abans.

Yuki Amado

Yuki, agent d'Afers Interns, contacta amb Debra perquè vol obtenir informació sobre el nou soci de Debra, Joey Quinn. Debra rebutja les moltes i moltes peticions de Yuki i, finalment, li diu a Quinn que l'està investigant. Quinn diu que és personal, però després li diu a Debra que Yuki era la seva parella i que mai no li va perdonar el coneixement de la drogodependència d’un col·lega i que l’havia intentat ajudar personalment en lloc d’anar als seus superiors. L’home va morir per una sobredosi de drogues.

El Skinner

Quan Dexter reconeix per primera vegada a una víctima com Teegan, la núvia de Freebo, ell suposa que Freebo la va matar. Però, quan els assassinats continuen després que Dexter mata Freebo, sap que és una altra persona, malgrat el departament de policia que busqui Freebo. L’assassí es diu The Skinner perquè treu la pell de la seva víctima abans que les mata. El departament eventualment connecta George King amb els assassinats i Dexter descobreix que ell pateix a la gent com a tort perquè vol que li expliqui com es troba Freebo, que li deu diners.

El Skinner segresta Dexter i el lliga a una taula. Dexter es fa lliure i mata a The Skinner tot just quan arriba la policia. Dexter el llança sobre un cotxe de la policia perquè sembli un suïcidi i després es colpeja per una finestra.

El noi de Debra

Mentre busca The Skinner, Quinn diu a Debra que parli amb el seu informador confidencial, Anton Briggs. Debra li parla diverses vegades i formen una relació romàntica. Debra se sent culpable de tenir una relació amb un CI i li diu a Dexter que el seu pare no ho aprovaria. Dexter diu a Debra que el seu pare va tenir una aventura amb una CI.

El sergent Batista recomana a Debra un escut de detectius i LaGuerta li pregunta si preferiria tenir l'escut o l'Anton, i tria a Anton. LaGuerta diu que la seva vida personal hauria de ser sempre primera i li dóna l’escut.

L'Anton és agafat per The Skinner i Debra treballa amb hores extres fins que troba a Anton.

Connexió de Dexter

Dexter, que afirma no tenir sentiments, sempre busca una connexió. Va pensar que havia trobat aquesta connexió a Miguel Prado i va començar a compartir els seus secrets més profunds, només per esbrinar que Miguel el manipulava. La cerca de connexió de Dexter continua.